Grazie ai reperti più antichi del museo sappiamo che nella valle dell’Esino nel Paleolitico si sviluppano le prime comunità antropiche. Durante questa fase storica avviene la scoperta del fuoco, la realizzazione di pitture rupestri, la produzione di materiale litico. Nel Neolitico si sviluppa un’economia produttiva grazie alla scoperta dell’agricoltura e dell’allevamento; sorgono i primi villaggi vicino ai fiumi, favorendo gli scambi commerciali. Ulteriori innovazioni del neolitico sono costituite dalla tessitura e dalla produzione ceramica.