Al pian terreno di Palazzo Pianetti è collocato l'androne di ingresso con la biglietteria e il Museo Archeologico ospitato nelle ex scuderie del palazzo.
Il primo nucleo della collezione risale al 1785, quando il governatore di Jesi, Monsignor Cappellari, consegna all’amministrazione locale un gruppo di sculture romane rinvenute nell’anno precedente presso il convento di San Floriano a Jesi. Con la scoperta di nuovi reperti provenienti dal territorio, nel 1867 la raccolta viene trasferita nel Palazzo della Signoria per poi essere spostata nella Pinacoteca Civica di Palazzo Pianetti, nei primi anni ‘90 del secolo. Nel 2003 la collezione torna, arricchita di altri reperti, nel luogo in cui è stata rinvenuta, ovvero l’ex complesso di San Floriano, trasformata in un vero e proprio museo archeologico del territorio.
Dopo la chiusura e il disallestimento nel 2007 della sede di San Floriano, dal 15 dicembre 2017 il museo è tornato a vivere nei locali delle ex Scuderie di Palazzo Pianetti. L’allestimento è stato eseguito secondo un criterio cronologico: dal paleolitico all’epoca Romana. Tra i reperti, provenienti dalla città di Jesi e dalla media Vallesina, si segnalano i corredi funerari piceni e il ciclo scultoreo giulio-claudio. È presente inoltre una ricca collezione di vasi dauni, entrata nel 1983 a far parte della raccolta in seguito a una donazione privata.